El método ha de tener en cuenta el interrogar metafísico. No puede ser ingenuo. Ha de tener en cuenta la complejidad del problema.
Dado el carácter último y casi misterioso de las preguntas metafísicas, no disponemos de un método seguro como en otras ciencias. Hay que hacer el camino al andar. La metafísica explora ámbitos vírgenes para el pensamiento. Este salirse del ámbito teórico lo comparte la metafísica con el arte, que tampoco tiene un método fijo. Entendemos así el método metafísico como un camino, con sus imprevistos y variaciones, no trazado previamente.
No podemos olvidar sin embargo que esas preguntas carecen de respuestas. ¿Que podemos hacer? Actualmente hay una gran cantidad de información disponible. Podemos confrontar ideas. Podemos producir así un texto plural y polimorfo. Un tejido no producido de forma ordenada, sino por el embrollo de fibras. Sin centro. Infinito.
El método de la metafísica contemporánea es hermenéutico, ya que se concibe como un arte de interpretación de textos, buscando textos de diferentes procedencias. El discurso pasa de un elemento a otro por analogía.
Podemos decir que es un método que busca la explicación de un sistema ordenado mediante la construcción de una estructura, la cual no está al nivel de los hechos constatables por un observador. Se establece una relación de analogía entre esta estructura y la realidad. El método es riguroso pero anexacto. A la estructura se llega mediante aproximaciones sucesivas.
(F.J. Martinez Martinez, Metafísica, T11)